北镇府司负责具体干活，南镇府司负责监督北镇抚司干活。南镇府司类似于纪检，权力很大但没啥存在感。从组织结构上看南镇府司更有权力。但北镇抚司的头头一般是皇帝的亲信，更受皇帝重用，而且干的是抓人、审讯的活，看上去更威风。而且南镇府司往往不敢轻易得罪北镇抚司。毕竟撕逼起来要皇帝当裁判，更加受皇帝宠信的北镇抚司往往更有优势。所以很多时候，南镇抚司成了一个养闲人的地方。这在历史上很少见的。具体干活的权力比监督干活的还大。综上，组织结构上南镇抚司权力大，但实际上北镇府司权力更大。