锦衣亲军指挥使司建立后，一名指挥使总揽全局，下设2名指挥同知。其中一名指挥同知任职南镇抚司。锦衣卫序列中分南北镇抚司！
说到这里就要说一下锦衣卫设南北镇抚司原因！
因为锦衣卫一家独大以后，朝中所有官员都管不了他们。这个时候如果没有权力机构约束这帮人，那他们非要上天不可。所以就设立了南镇抚司，南镇抚司是为锦衣卫内部的监察机构，管锦衣卫内部人员升迁考核等。
至于北镇抚司，就是真正意义上的锦衣卫了。
北镇抚司是锦衣卫的真正执行机构，审讯、缉拿、行刑甚至是处决等全部由北镇抚司负责。
其实就是说锦衣卫所有对外业务全部是北镇抚司在做，对内管理锦衣卫的就是南镇抚司，相当于纪检部门。
这么一看，是不是觉得南镇抚司地位高？
恰恰相反，因为北镇抚司的工作性质，决定了其人员与皇帝接触较多，是皇帝相信的人。而南镇抚司相对与皇帝较远。让不是亲信的人去管理皇帝的亲信？哪个敢真管？
这样就出现了南镇抚司该管北镇抚司锦衣卫，却又不敢管的局面。
很好理解，就是北镇抚司相当于皇帝宠臣，南镇抚司基本都是养老的。
这就造成了南镇抚司无事可干。据说后期南镇抚司成为武器研发中心了！因为他们确实是没事可干！
所以，南北镇抚司是锦衣亲军，北镇抚司才是让人闻之色变的锦衣卫！