抚顺城濒临浑河，是建州女真同明朝互市的重要场所。努尔哈赤青年时，常来这里贸易，因此这里的山川地理形势，他了如指掌。当时守卫抚顺的是明游击将军李永芳，以前努尔哈赤也曾同他打过交道。
努尔哈赤派出先遣部队假冒商人来抚顺，将抚顺商人和军民诱出城外贸易。然后后金主力乘机突入城内，守将李永芳投降，抚顺遂不战而下。同日，后金军左四旗兵又攻占东州（今沈阳东南）、马根单（在赫图阿拉西南）两座城池。当后金军撤走时，明广宁（今辽宁北镇）总兵张承胤领兵万余人仓促来追。
努尔哈赤派军环攻，利用风沙大作的有利天时，全歼明军，俘战马匹，甲副，兵仗器械，不可胜计。努尔哈赤在初战大捷后，又于同年七月，亲统八旗军，进鸦鹘关，围清河城（今辽宁本溪东北）。明朝守将闭门固守，城上施放火器，八旗兵死伤千余人。努尔哈赤命军士头顶木板，从城下挖墙而入，城陷，守将及兵民万人皆战死。后金军攻入鸦鹘关，攻占清河。
至此，明抚顺以东诸堡，大都为后金所占。努尔哈赤厚待抚顺降将李永芳，将其从游击擢升副将，又把孙女嫁给他，尊称为“抚顺额驸”，并赏赐降民大量牛、马、猪、犬、衣物、房、田，依照明制设官，令李永芳统管。后金军袭占抚顺、清河后，曾打算进攻沈阳、辽阳，但因力量不足，侧翼受到叶赫部的威胁，同时探知明王朝已决定增援辽东，便于九月主动撤退。
抚顺、清河被后金兵攻陷的消息很快就传到了北京，神宗皇帝以及众臣“举朝震骇”。
明神宗慌忙召集九卿科道会议，商讨“大举征剿”赫图阿拉的办法。
努尔哈赤经过一段时间的休整，又于万历四十七年（年）正月亲率大军进攻叶赫部，给予重大打击。叶赫部向明廷告急。明神宗感到边事十分危急，立即从福建、浙江、四川、甘肃等地调集了9万余人的军队齐集沈阳，任命兵部左侍郎兼右金都御史杨镐为经略辽东（经略是朝中派出的总制一方的军务重臣），并特赐先斩后奏尚方宝剑一口。经过调兵、点将、筹饷和置办武器等一系列准备，明军决定出兵。
